Proyek BPO-LBF ini sejatinya makin memperparah persoalan agraria dan kerusakan lingkungan di Labuan Bajo dan sekitarnya. Bowosie, sebagai hutan penyangga utama kebutuhan air warga, beralih fungsi menjadi kawasan bisnis yang dengan jelas menyebabkan kerusakan lingkungan serta hanya menguntungkan pemodal.