22 Juli 2001 – Bom di Gereja St Anna dan HKBP Jakartakarta
Sekitar pukul 07.05, bom meledak di dalam ruangan Gereja Santa Anna Duren Sawit, saat pastor sedang menyampaikan kotbah. Pada saat hampir bersamaan sekitar pukul 06.55, bom juga meledak di lapangan parkir Gereja Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) Jatiwaringin. Lima orang tewas dalam peristiwa bom di dua tempat ini.
12 Oktober 2002 – Bom Bali I
Terjadi tiga rangkaian peristiwa bom di Bali pada malam hari. Dua ledakan pertama terjadi Paddy’s Pub dan Sari Club (SC) di Jalan Legian, Kuta, Bali, sedangkan ledakan terakhir terjadi di dekat Kantor Konsulat Amerika Serikat. Tercatat 202 korban jiwa dan 209 orang luka-luka dalam peristiwa yang dikenal Bom Bali I ini.
5 Desember 2002 – Bom Restoran McDonald’s Makassar
Bom rakitan yang dibungkus wadah pelat baja meledak di restoran McDonald’s Makassar. Tiga orang tewas dan 11 orang terluka.
5 Agustus 2003 – Bom JW Marriott
Ledakan bom di hotel JW Mariott di kawasan Mega Kuningan, Jakarta, Indonesia pada pukul 12:45 dan 12:55 WIB. Ledakan itu berasal dari bom mobil bunuh diri dengan menggunakan mobil Toyota Kijang. Sebanyak 12 orang tewas dalam peristiwa ini, sementara 150 orang lainnya mengalami cedera.
