Dalam karya pastoralnya di Papua, imam kelahiran Manggarai Timur – Flores, Nusa Tenggara Timur ini memang kerap berurusan dengan aparat keamanan.
Pada 2008, ketika ia gigih membela umatnya di pedalaman Keerom, perbatasan dengan Papua New Guinea yang menjadi korban pencaplokan tanah dan hutan, suatu hari ia dicari oleh Komando Pasukan Khusus (Kopassus), dan diancam ‘akan dikubur hidup-hidup sedalam 75 meter’.
Ia sempat diungsikan sementara waktu oleh para aktivis, namun kemudian ia kembali berjuang dan mendirikan sebuah lembaga HAM, Yayasan Teratai Hati Papua.
Pada 2012, ketika menjadi dekan di Arso-Kerom, dia kembali menjadi incaran aparat polisi, intel dan tentara, di mana ia dituduh bekerja sama dan mendukung gerakan Papua merdeka di hutan-hutan.
Aparat memang memiliki sejumlah bukti kuat, yakni catatan sambungan telepon yang rutin antara HP Pastor John dengan nomor-nomor yang oleh aparat diidentifikasi sebagai aktivis Papua Merdeka.
Bukti-bukti itu memang tidak terbantahkan. Tetapi Pastor John lolos dari jerat tuduhan itu karena meminta aparat membuka juga daftar komunikasi teleponnya dengan aparat Polri, TNI, BIN, dan para pejabat tinggi di Jakarta.
“Sebagai pastor, kami ini berkomunikasi dengan semua pihak. Kami ini jembatan komunikasi dan dialog. Kami berusaha cari solusi”, katanya kala itu.
Kepada ucanews.com ia menjelaskan, upayanya terlibat langsung dengan persoalan di Papua dan berada bersama masyarakat yang melawan penindasan adalah pilihan profetis Gereja.
“Jangan selalu mengaitkan upaya itu dengan politik,” katanya. “Jangan semuanya dilihat dari segi politik praktis. Melawan pelanggaran HAM adalah bagi dari tanggung jawab saya sebagai pastor yang mewakili Gereja.”
Ia mengatakan, dirinya saat ini berharap agar warga Papua tidak perlu gentar memperjuangkan hak-hak mereka. “Kita berjuang demi kebenaran dan keadilan,” katanya.
Ia menambahkan, tidak mungkin memilih diam ketika menjumpai ketidakadilan dalam kehidupan sehari-hari, misalnya fasilitas publik yang sangat kurang, sementara sumber daya alam tanah Papua sangat kaya.
